a) Departamento de Planificação: é a unidade orgânica responsável pela Planificação e monitoria de desempenho das actividades eleitas pelo Conselho Municipal.
b) Departamento de Execução Orçamental: é a unidade orgânica responsável pela administração e gestão financeira, bem como pela gestão dos programas de financiamento no Município da Matola.
c) Departamento de Receitas e Tributação: a Unidade orgânica responsável pela cobrança de receitas e pela resolução de conflitos emergentes da tributação.
d) Departamento de Património: é a Unidade orgânica responsável pela gestão do património do Conselho Municipal, quer seja de bens móveis e imóveis assim como garantir a sua manutenção e asseguramento.